羊水穿刺術是一種產前診斷技術，其操作是有創性檢查，因此存在以下醫療風險：
1、該操作用細針穿刺進入羊膜腔，可能造成孕婦出血、出血性休克、羊水外流、流產及傷及胎兒的可能
2、因子宮畸形、胎盤位於前壁、腹壁太厚、羊水過少等原因可能導致穿刺失敗。
3、由於羊水細胞培養系脫落細胞體外培養受羊穿時間、標本是否混血、培養基污染等多種因素影響，羊水培養有失敗的可能，有時因爲崁合體而不能診斷。
4、受現有醫學技術水平的限制，羊水生化檢查、細胞學、和分子遺傳學分析有時難以確診，需進行進一步檢查
5、如術前孕婦存在隱形感染或術後衛生條件不佳，有發生宮內感染的可能
6、孕婦若合併心腦血管疾病，由於疼痛、緊張等刺激，有發生心腦血管意外的可能
7、通過本次檢查，可以排除擬診斷染色體異常的疾病，但受現有醫學技術水平的限制，有時難以分辨染色體的某些微小異常，也不能排除一些多基因病、或其他原因導致的胎兒畸形或異常。
8、由於不可抗拒的外界影響如停電、地震或培養設備的損害等非人爲因素造成羊水培養失敗可能。
羊水穿刺的副作用還可能會有這些：可能會出現陰道出血、羊水溢出或子宮持續性收縮，約佔2%的孕婦會發生。通常不須要特別治療，對於懷孕過程沒有不良影響。與羊水穿刺術過程有關的自發性流產，約佔0.3%至0.5%。
羊水穿刺是一種侵入性檢查，任何一種侵入性檢查都是有風險的。羊水穿刺檢查肯定有風險，但是它的總風險率，導致胎兒流產的風險一般來說，不超過1%。而且，現在的大中型醫院，原則上，要求做羊水穿刺必須是在b超下面做。也就是說，必須在b超下面看着，躲開孩子和胎盤。所以這樣對胎兒造成損傷的可能性就更小了。羊水穿刺術後需要注意預防感染、注意飲食、注意營養就好了。
