肛瘻一般有急性肛門直腸周圍膿腫的病史。膿腫自破或經手術切開排膿，從肛門皮膚外口或肛門內流膿，這些都是診斷肛瘻的主要標誌。
1、望診
可見外口常在肛門周圍皮膚上或臀部形成一突起或凹陷。周圍皮膚因膿液刺激，常有脫皮發紅，有時有肉芽組織由外口內突出。周圍皮膚紅紫色，多爲結核性瘻管。
2、觸診
低位肛瘻之瘻管，在皮下可以摸到繩狀硬條，由外口行向肛門，用指按壓，有膿液由外口流出。
3、直腸指檢
常在肛管後側、齒線附近可摸到中心凹陷的小硬結，有輕微壓痛，即是原發內口。
4、確定瘻管的深度與括約肌的關係
由於肛瘻的管道通過外括約肌和肛提肌，有時管道在內括約肌之間走行，手術中切開管道，必然要切開有關的括約肌。特別是通過肛門直腸環的瘻管，切開肛門直腸環，術後會引起肛門失禁。因此在檢查中必須弄清瘻管走行與肛門括約肌的關係。
5、確定瘻道主體與支體的變化
在肛瘻檢查中，不能單純從內口的數目，或瘻管是直的還是彎曲的，或者從病變的一個平面上了解病變的全貌;有時從肛門外部看，僅一個外口，症狀也不明顯，但可能是瘻管很深，內口尋求比較困難的複雜性肛瘻;有時瘻外口較多，肛門皮膚病變較大，但其主管很低，屬於容易處理的簡單肛瘻。因此對肛痿的診斷要具體細緻。
6、全身檢查
肛瘻雖然表現爲局部病變，但也與全身情況或某些疾病相聯繫，絕不能忽視全身檢查。活動性肺結核患者發生肛瘻，往往爲結核性肛瘻，且術後創口癒合較慢;骶髂骨結核患者發生的肛瘻，有可能是骨結核所引起的;非特異性潰瘍性結腸炎，有時也因併發肛門膿腫，破潰後形成肛瘻等。對複雜性肛瘻更應注意全身檢查，必要時作細菌培養和抗生素敏感試驗，並注意血沉、血象變化。或進行肛門括約肌功能測定。
對某些可疑病例，還應作活組織病理檢查，以確定肛瘻的性質，並要特別觀察有無癌變。
