一般來說，羊水穿刺手術都會選擇羊水豐富且不傷及胎兒的位置進行的，有一定的安全保障，但是，羊水穿刺並不是絕對安全，它還是有很多的風險，而且有可能會引發一些併發症。
羊水穿刺有危險嗎
目前，羊水穿刺檢查仍然是有創性檢查，做羊水穿刺還是有一定的醫療風險的。
羊水穿刺是在B超引導下進行的，醫生會選擇羊水豐富且不傷及胎兒的位置進行穿刺，因此一般情況下它是十分安全的。
隨着科技和臨牀技術水平不斷提高，目前羊水穿刺的安全係數已經大大提高。以準媽媽們最爲關心的流產爲例，上世紀文獻報道其流產率約爲0.5%（1/200），近年來有文獻報道它導致的流產率僅爲1/1600。但作爲一項侵入性檢查，誰也無法保證羊水穿刺一定不會對胎兒及準媽媽造成任何影響。另外羊水穿刺的主要併發症包括出血、感染、羊水漏、呼吸窘迫、早產、胎兒損傷、流產等。
羊水穿刺的危險
雖然該技術是女性分娩前診斷各種狀況的一種可行方法，但因它對孕婦及胎兒存有一定的創傷可能性，所以其具有下列可能的危險或風險：
穿刺失敗
在手術的過程中可能會因爲準媽媽自身的原因，如腹部及子宮的異常或者是腹中羊水較少以及胎盤位置處於前壁等導致手術失敗。
難以確診
雖然該手術對產前診斷很有幫助，但由於醫學科技的限制，對羊水所做的各種分析不一定能夠準確地做出產前判斷，因此該方法需要其他相關的項目來輔助診斷。
宮內感染
如果手術前準媽媽有被感染的機率或者是在做完羊水穿刺術後沒能及時地做好清潔、衛生的工作，那麼就會有宮內感染的現象出現。
如果孕婦有合併心腦血管疾病，則會因爲術中的疼痛或緊張等刺激，而致使心腦血管出現不測。
羊水培養失敗
羊水培養並非有百分百的成功率，它會受各種因素的影響，比如穿刺術的時間長短，培養基及標本異常等。
孕婦出血及傷及胎兒
該手術使用的工具是細針，它要穿進準媽媽的羊膜腔，在此過程中可能對母體以及腹中的胎兒有一定的危險性，比如女性出血甚至休克，致使術後流產以及危及胎兒等。
不能完全排除一些畸形兒
羊水穿刺術並不能完全可以將畸形兒篩查出來。該技術可以用於診斷一些因染色體不正常而致的病情，但是並不能完全發覺染色體微小的異樣，而且也不能診斷出一些多基因病或別的因素而引起的胎兒畸形。
非人爲因素導致的羊水培養失敗
因一些無法控制的原因，比如突然間斷電、地震等自然災害或者是醫用設施等不健全而使羊水培養受到阻擾。
羊水穿刺的併發症
血液傳染
有一定的機率使準媽媽和胎兒的血液接觸，當發生接觸時，如果準媽媽的的血液爲Rh陰性，並且胎兒的血液爲Rh陽性時，會出現危險。
感染
如果準媽媽存在感染，那麼羊水穿刺過程中可能把細菌帶入羊膜囊內，感染能夠引起高熱、子宮收縮和或腹部疼痛等問題，但是這種情況非常罕見。
破水
發生率1%，會在幾天內自行癒合。
羊膜腔炎
發生率0.1%，會引起下腹痛、發燒等症狀，極容易早產。
陰道出血
發生率1%-2%，幾天內會自行好轉。
胎兒刺傷
在超音波的引導下絕少發生，偶爾胎兒會突然動一下，醫生多能立即避開，如果不慎刺傷也不會有太大影響，會自行癒合。
呼吸窘迫
有少數研究發現，接受過羊水穿刺的胎兒，在出生後較易有呼吸窘迫的問題，發生率爲1.1%，未接受過羊水穿刺的胎兒則爲0.5%。
