肛裂通常發生在肛門瓣和肛門緣之間，內括約肌最下部淺面。初起只是肛管皮膚裂口，有的裂到皮下組織或括約肌。裂口呈線形或梭形，將肛管擴張，則呈圓形或卵圓形，邊緣整齊，底淺有彈性，由縱肌將裂底與內括約肌分開。如治療得當，可以痊癒。
由於內括約肌常痙攣收縮，裂口供血不足，且受到糞便和肛腺分泌物的刺激、感染，使裂口邊緣增厚、周圍充血、底硬，可見內括約肌環肌纖維。感覺敏感，輕微刺激可引起劇烈疼痛。
裂口下端皮膚因炎症改變，淺部靜脈和淋巴迴流阻礙，引起水腫和纖維變性，形成結締組織外痔。裂口上端肛門瓣和肛乳頭水腫和纖維變性，形成肥大乳頭。
裂口的側緣纖維變硬，周圍組織發生膿腫，破潰到肛管，形成肛裂。
裂口底部內括約肌纖維變性明顯，處於痙攣狀態，肛管壓力增高。
總之，肛裂可見到裂口、結締組織外痔、肛竇炎、肛門梳硬結和瘻管幾種病理改變。顯微鏡下可見肛管皮下肛竇通道、上皮樣囊腫、肛腺、腺管進入平滑肌和纖維變性。
