1.出血性卒中 腦出血或蛛網膜下腔出血(SAH)均可出現腦水腫及顱內壓增高症狀，如高血壓、劇烈頭痛、嘔吐、癲癇發作，甚至昏迷等。高血壓腦病以舒張壓升高爲主，神經功能缺失症狀體徵爲一過性，腦出血神經功能缺失體徵固定並可加重，SAH可見腦膜刺激徵，CT檢查有肯定的鑑別價值，高血壓腦病顯示瀰漫性腦水腫，腦卒中可見高密度或低密度病竈證據。
2.尿毒症性腦病 尿毒症合併高血壓並出現腦部症狀時，須鑑別爲高血壓腦病或尿毒症腦病引起。高血壓腦病常伴癲癇發作和黑矇，降壓後症狀迅速好轉;尿毒症腎功能障礙嚴重，常伴撲翼樣震顫或肌陣攣，血尿素氮或肌酐增高，透析治療後症狀可緩解;尿毒症患者很少發生癲癇樣發作和黑矇，有助於鑑別。
3.高血壓腦病與高血壓危象都是高血壓的特殊臨牀表現，共同特點均表現血壓急劇升高，但發病機制及臨牀表現不同。
4.顱內腫瘤,可通過腦超聲波,腦血管造影或CT等檢查加以確診。
5.高血壓性心臟病引起的肺水腫需與高血壓腦病鑑別，前者有明顯肺水腫症狀體徵，糾正肺水腫後血壓下降，可資鑑別。
6.顱內佔位性病變:雖有嚴重頭痛,但爲緩慢出現,非突然發生,其他顱內壓增高症狀和局竈性神經體徵亦是進行性加重。血壓雖可升高,但不及高血壓腦病的顯著增高。
