乙肝病毒有外殼和核心兩個部分，也就是說除了絕大多數病毒都具有的美麗“衣殼”外，乙肝病毒還要再加上一件精密的“外套”。外殼就是這件所謂的“外套”，它厚7-8納米，由脂質雙層和蛋白質組成的囊膜。脂質雙層內含有S抗原、前S1和前S2抗原，它們一起又構成了外殼上大、中、小三種蛋白形式，統稱爲乙肝表面抗原（HbsAg），也就是人們俗稱的澳抗。關於澳抗的由來還有一段故事，它最早是從澳大利亞土著人血清中分離出來的，當時以爲是當地民族特有的一個遺傳標誌，所以稱之爲“澳大利亞抗原”。到後來才知道就是乙肝病毒表面抗原。所謂抗原其實就是會引起機體抵抗反應的元素，而與之相對的，機體中可以識別並抵抗抗原的元素就是抗體了。
剝去Dano顆粒的外殼，暴露出乙肝病毒的核心顆粒。核心顆粒直徑28納米，呈二十面體立體對稱，它的表面纔是病毒真正的衣殼，由乙肝病毒的核心抗原 （HBcAg）組成。遊離態的核衣殼只能在肝細胞的細胞核內觀察到。通過強去垢劑或者酶處理的方法，還可以暴露出HBV的另一個主要的抗原e抗原，它的本質還不是十分清楚，但多數人認爲是核心的斷片。
Dano顆粒的中心部位就是環狀並且有缺口的DNA雙鏈，和依附在上面的DNA聚合酶。乙肝病毒的基因組最引人注目的一個特徵就是它非常小，其DNA 分子大約含有約3200個核苷酸，比已知的最大的病毒基因組小几百倍，和人類擁有的基因組相比較，僅僅是百萬分之一。而且乙肝病毒DNA的兩鏈長短不一，長鏈完整，長度恆定，爲負鏈。短鏈是正鏈，長度可變，大概是長鏈的50％~80%。表面抗原和核心抗原都是由Dane顆粒的DNA編碼而來。
