辣椒在防治疾病方面亦有專長，醫藥工作者把它製成“辣椒酊”“辣椒軟膏”等，前者內服可發汗、驅蟲、促進食慾、治療感冒。後者用於防治凍瘡、風溼痛、腰肌痛、神經痛等。此外，一般的外科炎症如腮腺炎、蜂窩組織炎、多發性癤腫、外傷瘀腫、扭傷、碰傷等，用辣椒軟膏治療都可收到滿意效果。
辣椒雖好，亦不宜吃得太多，因爲它刺激性很強，會促使口腔、食道、腸、肛門等整個消化道黏膜充血、水腫、分泌旺盛、蠕動加快。患有腸胃炎、胃潰瘍、高血壓、咯血以及眼紅目赤的熱症病人應當禁食辣椒;患有尿道炎、膀胱炎、肝炎、腎炎、肺炎、咽喉炎、痔瘡、癤腫的病人也應少吃或不吃。
辣椒中所含的辣椒素具有雙向功能：它既可致癌，又可抗癌，關鍵在於“量”的多與少。國外專家曾對印度、韓國愛吃辣椒的民族進行抽樣調查，該地區居民食辣量大，所以患胃癌和結腸癌的病人比其他地區高出3倍。
專家解釋：食辣過多，辣椒素會引起血壓升高，從而導致視神經的損傷以及消化道潰瘍，刺激或誘發消化系統癌症的發生。
而少量的辣椒素經過血液進入肝臟後，則變成一種具有抗癌作用的物質，保護人體不受癌症侵犯。可見，平時少量吃辣椒對人體有益，而進食過多則有百害無一利。
