木瓜蛋白酶存在於木瓜的乳狀汁液中。在尚未熟透的青木瓜中含量最豐富，大約是熟木瓜的兩倍。
木瓜蛋白酶是一種半胱氨酸蛋白酶，可以幫助人體分解肉類蛋白質，還能在一定程度上消滅人體內的某些細菌和蛔蟲。飯後吃少量木瓜，可以幫助腸道消化難以吸收的肉類，對預防胃潰瘍、腸胃炎、消化不良等有顯著功效。
木瓜的維生素C含量很高，成年人每天吃木瓜100克(約半個中型木瓜)，即可滿足對維生素C的需要。木瓜中的維生素E有助於清除體內垃圾，使膽固醇保持正常水平。木瓜中的果酸能護肝降酶、降血脂，對金黃色葡萄球菌、痢疾桿菌、癌細胞也有較強的抑制作用。
爲了保住木瓜中的多種營養成分，建議食用木瓜時首選生吃，如果想燉制甜品，最好將木瓜最後放入，且加熱時間不宜過長，以免造成營養素的大量流失。
提示：木瓜性寒味甘，雖有助消化、消暑解渴，但是胃寒、體虛者多吃易腹瀉，切記適可而止。老年人適量食用有助消化，但一次不可吃得過多。另外，木瓜有興奮子宮平滑肌的作用，孕婦不宜多吃。
