健康的指甲不易受到感染，指甲感染真菌的趨向可能與遺傳、糖尿病局部動靜脈循環和淋巴迴流障礙、周圍神經性疾病等因素有關，在潮溼環境作業及經常受外傷的指甲容易被真菌感染。
腳趾的灰指甲大多由足癬直接傳播：手指灰指甲則可能從手癬傳播或由經常抓足而感染。指灰指甲在足趾比手指更多見。指灰指甲多由其他絲狀真菌、酵母樣菌及酵母菌等引起，大多見於營養不良的指甲，現已肯定白念珠菌及短帚真菌可致指灰指甲。
灰指甲常由紅色毛癬菌、石膏樣毛癬菌、絮狀表皮毛癬菌等引起，其他如許蘭毛癬菌、紫色毛癬菌、斷髮毛癬菌、玫瑰色毛癬菌、同心性毛癬菌都可引起甲癬。
