許多灰指甲患者在治癒一段時間後又出現了復發，大部分復發的指甲或趾甲是原受感染的指甲，而少部分患者連沒有感染的指甲或趾甲也出現感染。這說明灰指甲還沒有完全治癒，或出現了促進再感染的因素。
灰指甲治療需要一個過程，治癒後還需要一定的鞏固期。如果沒有及時鞏固治療，可能造成真菌被抑制而沒有完全被殺死，因此很難保證不會出現死灰復燃。
灰指甲常不是一個單獨存在的疾病，灰指甲的病人往往同時伴有手足癬。手足癬和灰指甲的病原菌是相同的，包括皮膚癬菌（毛癬菌屬、表皮癬菌屬、小孢子菌屬）、念珠菌（假絲酵母菌）及非皮膚癬菌類真菌。只針對灰指甲治療，而沒有對整個手、足部進行抗真菌治療，會導致手、足攜帶真菌反覆感染指甲和趾甲。
有些患者經過標準的療程，足部灰指甲完全治癒了，也經過了鞏固治療，保證殺菌的完全性，並且也治療了腳癬，最後還是復發了。人們在對足部殺菌時，往往忽略了清潔自己的鞋襪，導致真菌寄生在鞋襪中，再次感染趾甲。
