正確選用漱口水後，掌握正確的漱口方法也很重要。漱口能除去口腔內食物殘渣和部分軟垢，並能暫時減少口腔內細菌的數量，對於保持口腔清潔、預防口腔疾病大有益處。漱口的效果與漱口的時間、含漱的力量和次數有關。漱口的時間最好在剛剛進食後，
因爲這時會有效地把食物殘渣從牙齒表面或牙縫裏沖洗出來，減少口腔內的細菌，並能減弱細菌的生長繁殖。
漱口時應先用清水漱口，方法爲：
將清水含在口內，鼓動兩腮與脣部，使清水在口腔內能充分與牙齒、牙齦接觸，並利用水力反覆地衝洗口腔各個部位，這樣就儘可能清除掉存留在牙齒的小窩小溝、牙間隙、牙齦、脣頰溝等處的食物殘渣和軟垢，使口腔內的細菌數量相對減少，從而達到清潔口腔的目的。
然後，含約10毫升的漱口水，用上述方法漱1分鐘。
漱完後不要再用清水漱口。漱口時應將漱口水含在口內，閉上口，然後鼓動兩腮與脣部，使溶液在口腔內充分與牙齒接觸，並利用水力反覆地衝洗口腔各個部位，這樣就能清除掉存留在牙齒的小窩小溝處、牙隙間、牙齦處、脣頰溝等的食物殘渣和軟垢，使口腔內的細菌數量相對減少，從而達到清潔口腔的目的。
不論是用清水還是用鹽水漱口，對暫時減少口腔細菌的數量是有效的，用鹽水漱口並不能真正達到消毒、殺菌的作用。因此偶爾用鹽水漱口可以達到殺菌消炎的目的，長期應用則對保健無宜。
使用漱口水，首先要選擇適合自己的。漱口水也有好壞之分，一定選擇質量過關的好漱口水。所謂的好漱口水，通常是指沒有毒性、不被或很少被身體吸收、在口腔環境中能夠停留較長時間而充分發揮作用、對特定的細菌有一定的作用、基本不產生耐藥性的漱口水。漱口時，要通過鼓腮、舌的運動等讓漱口水到達口腔的每一個角落，並停留一定的時間，多爲 30 秒，吐出後也要過一段時間，多爲30 分鐘，再用清水漱口或刷牙等。市場調研發現目前用得最多的爲洗必泰漱口水，其具有廣譜抗菌作用，減少了唾液中能吸附到牙面上的細菌數量，抑制細菌的聚集和對於牙面的吸附，減少菌斑的形成，能夠較長時間停留在口腔中發揮作用，沒有明顯的抗藥性，安全性高，效果好。但會對牙齒、舌、口腔黏膜、牙齒上的充填物、假牙等造成一定的染色，建議用洗必泰漱口水後 30 分鐘，一定要仔細刷牙、用牙線、牙間隙刷等輔助工具清潔口腔，或咀嚼無糖的口香糖。洗必泰漱口水味苦，還可能改變味覺，增加齦上牙石的沉積。漱口水正確使用方法過敏非常少見，但過敏者禁用。建議妊娠期和哺乳期的婦女及 18 歲以下的兒童不要使用洗必泰漱口水。
