1.慢性腎盂腎炎只有找出並去除了存在的易感因素後，才能徹底有效治療而不再發。多飲水，勤排尿，增加營養等非常重要。
2.抗菌藥物治療慢性期選用的抗菌藥物與急性腎盂腎炎相似，但治療較急性期困難，一旦處理不當，不僅療效不佳，且易引起腎功能受損而影響預後。慢性腎盂腎炎的抗菌治療擇優方案爲：①常需2類藥物聯合應用，必要時腎病的治療需要中西醫結合。②療程宜適當延長，通常治療2～4周。若無效或複查中再發，可選用敏感藥物分2～4組，輪換應用，每組藥用1個療程，療程畢停藥3～5天，共2～4個月。如上述長程抗菌治療仍無效或常再發者，可採取低劑量長期抑菌治療。臨牀常用磺胺甲噁唑/甲氧苄啶（複方磺胺甲基異惡唑）、呋喃妥因、頭孢氨苄（頭孢立新）、阿莫西林（羥氨苄西林）、諾氟沙星（氟哌酸）等任一種藥1次劑量，於每晚排尿後入眠前服用，可長達6～12個月，多可防止再發，對重新感染引起再發的慢性腎盂腎炎更爲有效。③抗菌治療的同時，特別在療效不佳或頻頻再發時，必須尋找並去除易感因素。④急性發作期的用藥同急性腎盂腎炎。
復發者多在前次發病用抗菌藥物治療停止後6周內再發，其實質是上次治療失敗，故應另換敏感藥物或改變治療途徑、方法和療程等。重新感染則多在前次治療停藥6周後再發，常與機體免疫功能低下有關，在調整藥物治療同時，需增強免疫功能。
隱匿型慢性腎盂腎炎的早期症狀，但細菌尿卻持續存在，腎內炎症及腎功能損害也可能發生，尤其對孕婦、幼兒、尿路畸形和糖尿病患者，更應做抗菌治療，以保持尿無菌狀態。一般可選用前述藥物1種治療10～14天，無效或再發可調整用藥再治，若仍無效或再發則可用長期低劑量抑菌治療。
合理選用中成藥：
根據不同證型，可合理選用中成藥以配合治療。
（1）大補陰丸：功能：滋陰降火，滋補肝腎。主治：慢性腎盂腎炎屬肝腎陰虛，虛火上炎者。用法： 10g，3次/d。
（2）滋腎通關丸：功能：清下焦蘊熱，助膀胱氣化。主治：慢性腎盂腎炎屬熱蘊膀胱而證見尿閉不通，少腹脹滿者。用法：6g，3次/d。
（3）濟生腎氣丸：功能：溫補腎陽，化氣行水。主治：慢性腎盂腎炎屬腎陽不足者。用法：10g，3次/d。
（4）右歸丸：功能：溫補腎陽，化氣行水。主治：慢性腎盂腎炎屬腎陽不足，命門火衰者。
（5）其他中成藥如復腎寧、銀花泌炎靈。
3.康復治療：
（1）堅持大量飲水，每2～3h排尿1次，可降低發病率。
（2）注意個人衛生，勤洗澡，用淋浴，要勤換內褲。
（3）去除慢性感染因素，積極治療慢性結腸炎、慢性婦科疾患、糖尿病、慢性腎臟病、高血壓等易發生尿路感染的疾病，是預防復發的重要措施。
（4）儘量避免使用尿路器械和插管。
（5）預防性服用抗菌藥，可選用磺胺甲噁唑/甲氧苄啶（複方新諾明）、諾氟沙星（氟哌酸）、氨苄西林（氨苄青黴素）中的1種，如無不良反應，可再臨睡前長期服用。
（6）慢性尿路感染病人，要耐心按醫囑堅持治療，不要隨意停藥，即使症狀消失後，也要定期到腎病專科醫院複查，直至尿細菌培養多次正常後，或按計劃治療療程結束後未再復發者，纔可停藥。
