無急性腎盂腎炎的症狀（發熱和腰痛）存在時，鑑別上尿路及下尿路感染常很困難。慢性腎盂腎炎患者在排泄性尿路造影中有典型的腎臟瘢痕，而下尿路感染患者的腎臟正常。然而有腎臟瘢痕病人的尿培養有時無細菌生長，只表現爲下尿路感染的症狀。排泄性尿路造影正常的患者也有時出現發熱，腰痛或其他上尿路感染的症狀。因此，這時除非進行侵入性檢查，否則，下尿路感染（女性尿道綜合徵和膀胱炎，男性細菌性前列腺炎和膀胱炎）和上尿路感染之間的鑑別相當困難。
慢性腎盂腎炎還須與其他原因引起的慢性腎小管間質性腎臟疾病相鑑別，特別是鎮痛劑性腎病。作鑑別時還須考慮腎結核之可能，尿塗片及培養髮現有分枝桿菌以及尿路造影發現有典型的腎結核表現時可資鑑別。尿路造影發現有慢性腎盂腎炎改變者，有時還需進一步作腎臟核素掃描、血管造影或CT掃描等檢查與腎臟腫瘤相鑑別。
對於慢性腎盂腎炎的治療措施可有一般治療和特殊治療之分，詳述如下：
1）要使進行性腎損害和功能損失降低到最低限度，則需嚴密隨診病人，嚴格控制尿路感染，及時發現和處理併發症，單側萎縮性腎盂腎炎引起的高血壓可能受腎素調節，此類病人經仔細評估後，如有適應症則可作患腎切除術。
2）特殊治療：①藥物治療：有慢性腎盂腎炎證據的各年齡組患者，需及時診斷仔細治療，並預防感染再發生。爲根治尿路感染，需作藥敏試驗，選擇適當的抗生素。如果爲重新感染（特別是嬰幼兒），則需長期、連續使用抗生素治療。②手術治療：通過外科手術矯正患者解剖上的缺陷（尤其是尿路梗阻）和去除結石，影響藥物療效不同程度的膀胱輸尿管返流也需手術治療。
要防止慢性細菌性腎盂腎炎的腎瘢痕和進行性腎損害的發生，需要早期發現嬰幼兒的尿路感染，仔細預防和治療嬰幼兒及成年人所有的尿路感染，儘早查出和手術矯正影響內科治療的各種不利因素。
發病時的年齡、解剖缺陷、腎臟病的嚴重程度和尿路感染的療效等決定着慢性腎盂腎炎的預後。慢性腎盂腎炎一般不演變成爲需作透析和腎移植的慢性腎功能衰竭，但治療不徹底的嬰幼兒慢性腎盂腎炎例外。
