由於慢性腎盂腎炎反覆發作，致腎臟中炎症和修復過程交替進行，結締組織增生和瘢痕形成，使得局部血運差，抗生素不易進入病竈；局部引流不暢，致病菌難以清除，因此炎症難控制，受損的腎組織不易修復。而受損腎組織在恢復之前，亦是引起反覆感染的一個重要因素。因而慢性腎盂腎炎治療的重點爲儘快消滅致病菌，促使受損腎組織儘早恢復。同時積極尋找易感因素，並卻除之，是抗菌治療有效的前提。如手術治療肥大的前列腺，使尿路梗阻得以解除，就可以較有效的治療腎盂腎炎。
療程是慢性腎盂腎炎治療成敗的關鍵，不能足療程用藥，即使原治療有效，往往不能徹底清除細菌，同時培養了耐藥菌，使致病菌得到喘息，一旦條件適宜，即可復發，病情遷延。因此，慢性腎盂腎炎急發時，按急性腎盂腎炎的治療原則用藥，總療程不少於4周。當臨牀症狀被控制後，可停藥觀察，一般每月複查尿常規和尿細菌培養一次，共半年。若尿中仍有菌，可採用長程低劑量抑菌治療，具體方法爲：每晚睡前排尿後口服單一劑量抗生素，劑量爲每日劑量的1/3—1/2。抗菌藥可選擇3—4種爲一組循環使用，即可使副作用降到最低，又可預防耐藥性的產生，還可達到較好的抑菌效果。如可選用複方新諾明、羥氨苄青黴素、頭孢菌素Ⅳ等。療程尚無定論，可用4個月、6個月、甚至1年。
