中醫認爲，冬蟲夏草並不是包治百病的靈丹妙藥，只適用於肺虛、腎虛或肺腎兩虛引起的各種病證，臨牀應用主要有3個方面(藥物的用法及劑量請諮詢中醫師)：
首先，取冬蟲夏草補腎助陽、益精起痿之功，用於腎虛精虧導致的腰膝痠痛、軟弱無力、夢遺滑精、、健忘及神思恍惚等。方法是單用冬蟲夏草泡酒服，或與杜仲、川斷、枸杞子、鹿角膠、龜甲膠等補精血、壯陽氣、強筋健骨之品配合使用，以增強藥效。
其次，取冬蟲夏草補腎益肺、止血化痰之功，用於肺虛或肺腎兩虛導致的虛喘久咳，或勞嗽咳痰血不已。
病情輕者單用冬蟲夏草研末服，病情較重者常與其他補益肺腎之品同用。如肺腎氣虛，久咳不愈，咳聲低微，或咳而伴喘，喘時呼多吸少，動則加重，以及食少氣短、神倦乏力等者，當配蛤蚧、人蔘、胡桃肉等益氣補腎、納氣定喘之品；
如肺腎陰虛，久咳無痰，或痰少質黏並帶血絲，咽乾口燥，手足心熱，舌紅少苔者，宜與麥冬、阿膠、百合、川貝等養陰清肺止血化痰藥合用。
第三，取冬蟲夏草補腎而固本、補肺而固表之功，用於病後或年老體虛，或自汗畏寒，或盜汗潮熱(陣陣發熱)等。
