1.性伴侶沒有治療，成爲重要的傳染源和引起復發的重要原因。
2. 雌激素作用：雌激素是HPV致病的重要輔助因素之一，很多性病學者都有這樣的經驗—孕婦感染HPV 後，病變發展迅速，疣體體積增大明顯，數量多，治療困難，治療後複發率更高，產後則尖銳溼疣可以明顯消退。雌激素受體與HPV 感染和CA 的發生也有一定關係［7］ 。
尖銳溼疣復發原因
3.患者的細胞免疫功能異常：尖銳溼疣患者的自然殺傷細胞活性降低，特別是病程長於6個月的CA患者NK活性顯著低於病程小於3個月的CA患者，表明CA患者NK活性的降低與CA的病程有密切關係。CA患者機體產生γ-干擾素和白介素2的能力降低，提示患者的細胞免疫功能降低。另外復發患者CA病竈內Langerhans細胞數量減少，使得對錶皮細胞內HPV抗原的呈遞作用減弱，使得機體難以產生強有力的HPV特異性免疫應答，這也成爲某些尖銳溼疣復發的原因。
4.治療不規範：包括外用藥物和物理治療兩方面。外用去除尖銳溼疣的藥物用量過少未能去除疣體基底部;外用藥物過量損傷了正常的皮膚粘膜，形成水腫、糜爛或潰瘍，使病毒擴散;物理治療範圍過小，雖然去除了肉眼可見的疣體，但是疣體周圍亞臨牀感染的病竈沒有治療;物理治療深度不夠，沒有清除疣體的基底部分;一些小的或者不典型的尖銳溼疣皮損在治療中被忽視和遺漏。
5.存在HPV亞臨牀感染和潛伏感染：所謂亞臨牀感染是指已經感染HPV病毒、但還沒有長出疣體，需要藉助放大鏡、陰道鏡、尿道鏡或3%～5% 的冰醋酸外塗後才能觀察到病變區域。由於亞臨牀感染缺乏肉眼可見的形態學改變，因此很容易漏診。尖銳溼疣亞臨牀感染是從HPV感染到發展成CA的一箇中間過程。HPV潛伏感染也稱爲HPV隱匿性感染，是指HPV進入機體皮膚粘膜後不引起任何臨牀表現和組織學改變的一種HPV存在狀態，只能用分子生物學等方法通過檢測發現HPV的存在。HPV潛伏感染髮生率較高，可廣泛存在於外生殖器和肛門等部位的皮膚粘膜中。如有學者發現正常婦女HPV潛伏感染髮生率高達70%;周華等在22例尖銳溼疣患者醋酸試驗陰性的非皮損區通過PCR檢測HPV，陽性率達72%。HPV潛伏感染持續時間的長短尚不完全清楚，一般認爲與被感染機體細胞免疫功能以及所感染的HPV毒力強弱等有關，長的可持續數年。目前認爲HPV亞臨牀及潛伏感染都具有傳染性，可通過自身傳染成爲尖銳溼疣復發的主要原因，需要積極治療，但是傳統的治療方法只能去除肉眼可見的疣體，未能對亞臨牀及潛伏感染的部位進行治療。
6. 其他原因：包括HPV遺傳易感性、內褲的自身傳染、包皮過長、合併感染其他性傳播疾病、同時患有其他導致免疫力降低的疾病（如糖尿病、自身免疫性疾病）以及重複感染HPV病毒等。
