尿石症的主要病由於鈣磷代謝紊亂以及其他因素。而患者對代謝紊亂方面比較關心。固然尿結石的形成與代謝紊亂兩者之間的關係仍無終極結論，但是經過醫學科研職員多年的研究以爲鈣磷代謝紊亂可引發：高鈣尿、高草酸尿、高尿酸尿、胱氨酸尿、黃嘌呤尿、低枸櫞酸尿等。具體病因可分爲：
高鈣尿：高血鈣、甲狀旁腺功能亢進、原發性遠端腎小管酸中毒、髓質海綿腎、類贅瘤病、維生素D中毒、乳鹼綜合徵、長期臥牀、Cushing“”s綜合徵、甲亢、特發性高鈣尿。
高草酸尿：原發性高草酸尿、維生素B6缺乏等。
高尿酸尿：痛風、高尿酸血、高尿酸尿、白血病、真性紅細胞增多症、先天性酶缺陷、舞蹈手足徐動症等。
胱氨酸尿：屬遺傳性缺陷。
