消化性潰瘍病的診斷一旦確定，準確、合理地選擇抗消化性潰瘍藥物就成爲關鍵。科學、合理用藥對於保證治療效果，縮短療程，減少病人痛苦，防止併發症的發生和復發都有着極其重要的作用。
測定胃酸分泌情況選藥
一般來說，十二指腸潰瘍胃酸高，而胃潰瘍胃酸正常或偏高，但也有個體差異。因此，在治療前最好做一次胃液分析，這樣用藥就更有針對性。治療高胃酸患者應選用抑酸作用強的藥，對於從未用過抑酸藥的患者可首選雷尼替丁或法莫替丁，如療效不好可選用抑酸作用更強的洛賽克，如胃酸正常者，不可濫用抑酸劑，以免引起胃內菌羣失調，黴菌‘乘虛而入’造成麻煩。
清除幽菌，慎用鉍劑
研究資料表明，幽門螺桿菌是影響潰瘍癒合和導致復發的重要因素。因此，凡是患消化性潰瘍的患者都應做幽門螺桿菌的檢查。尤其下述情況更應積極考慮幽門螺桿菌的感染：一、經抑酸劑正規治療無效的消化性潰瘍。二、經常復發的消化性潰瘍。三、潰瘍已癒合，但仍有症狀者。四、十二指腸球部潰瘍伴有明顯活動性胃竇炎的患者。如幽菌爲陽性，可採用三聯療法如（洛賽克、阿莫西林、甲硝唑或德諾、阿莫西林、甲硝唑），其中德諾連續服用不可超過六週。因此藥屬於鉍劑，長期服用有細胞毒性和神經毒性，可引起頭痛、關節痛，肝病和腎病。
根據潰瘍的類型選藥
近年來，隨着對發病機理的深入研究認爲，胃潰瘍的發生是由於胃粘膜屏障減弱佔主要地位，因此，在選藥時應以保護胃粘膜屏障的藥爲主，如硫糖鋁、果膠鉍、麥滋林－Ｓ等，若胃酸偏高可輔以降低胃酸的藥；因爲十二指腸潰瘍是以胃酸和胃蛋白酶增高起主導作用，選藥時應以抑酸劑爲主，輔以粘膜保護藥，這樣能迅速消除症狀促進癒合。
注意用藥禁忌，防止毒副作用
胃潰瘍不宜用抗膽鹼能藥物，因該類藥物能促使胃張力低下，胃竇部瀦留，從而使胃泌素分泌增加。腎功能障礙患者不可服用含鎂抗酸劑，以免因高鎂血癥產生中樞神經系統和心臟的毒性效應。對於老年病人等於‘雪上加霜’。抗膽鹼能藥可使青光眼、前列腺梗阻、反流性食管炎加重，因此對具有上述疾病的患者，慎用該類藥。
根據病情，選擇用藥
難治性、頑固性十二指腸潰瘍應首選洛賽克，待潰瘍癒合後再用其它藥物進行維持治療。胃潰瘍合併十二指腸返流時，可同時並用胃復安，以增加胃蠕動，促進胃排空。消化性潰瘍伴有便祕者可並用具有緩瀉作用的抗酸劑，如複方氧化鎂散、胃必治等。消化性潰瘍伴有腹瀉者應並用具有收斂作用的抗酸劑如氫氧化鋁、胃舒平、果膠鉍等。
