1. 肝臟病變
HCV，HBV感染髮展成慢性活動性肝炎，慢性遷延性肝炎(50%)，肝硬化(10%-20%)，肝癌發生率高於一般人羣30倍。
肝功能衰竭已成爲血友病患者死亡的不可忽視的原因之一。HCV治療同非血友病患者的肝炎，α干擾素及病毒唑合用，約1/2獲得長期緩解。國外對少數失代償性肝硬化血友病患者進行肝移植，移植的肝臟產生一定的FVIII或FIX，因此血友病同時得到改善。
少數患者HCV合併HIV感染，治療棘手，死亡率大大增加。
2.獲得性免疫缺陷病(AIDS)
1978-1985年，90%重型HA感染HIV，AIDS成爲血友病死亡的主要原因(佔65%)。HIV感染引起繼發性免疫缺陷，卡波氏瘤增加200倍，非霍奇金淋巴瘤增加29倍。
1985年以來，隨着嚴格獻血員篩選，病毒檢測及病毒滅活技術(加熱法，有機溶劑加表面活性劑，親和層析法，二步法病毒滅活)的不斷改進，現已基本消除感染HIV的危險，血製品的安全性與有效性得到大大提高。治療同其它非血友病AIDS患者。
