pleconaril化合物
過去曾有人用一種化合物pleconaril來治療腸病毒的感染，但此藥物用於治療新生兒與幼兒腸病毒感染的經驗仍屬不多，因爲，此藥物在新生兒的藥物動力學、安全性與效用等方面都還在評估當中，因此仍屬實驗性的藥物。
支持性療法
而大部分的病患均採取支持性療法，不需給予特別的藥物，不過有時嚴重的疾病亦可能會需要用到呼吸照顧、心血管藥物或血液成分的給予。
靜脈注射免疫球蛋白
靜脈注射免疫球蛋白曾被用於治療新生兒腸病毒感染，主要理論是基於免疫球蛋白含有許多不同血清型的抗體，可提供有症狀感染的病患所需的血清型專一性的抗體，因爲缺乏中和抗體是造成新生兒腸病毒感染的危險因子之一。但是，由於過去研究的規模不大且受限於研究的方式，以致無法對於靜脈注射免疫球蛋白用於治療新生兒腸病毒感染的效用有一致的結論。至於是否有特別的抗病毒藥物針對新生兒腸病毒感染，目前仍然屬於研發的階段。
