1、結腸癌的鑑別診斷主要是結腸炎性疾病，如腸結核、血吸蟲病、肉芽腫、阿米巴肉芽腫、潰瘍性結腸炎以及結腸息肉病等。臨牀上鑑別要點是病期的長短，糞便檢查寄生蟲，鋇灌腸檢查所見病變形態和範圍等，最可靠的鑑別是通過結腸鏡取活組織檢查。
2、直腸癌往往被誤診爲痔、細菌性痢疾、慢性結腸炎等。誤診率高達60%～80%，其主要原因是沒有進行必要的檢查，特別是肛門指診和直腸鏡檢查。
3、闌尾周圍膿腫可被誤診爲盲腸癌（結腸癌），但本病血象中白細腸及中性粒細胞增高，無貧血、消瘦等惡病質，作鋇灌腸檢查可明確診斷。
4、結腸其他腫瘤如結腸直腸類癌，瘤體小時無症狀，瘤體長大時可破潰，出現極似結腸腺癌的症狀；原發於結腸的惡性淋巴瘤，病變形態呈多樣性，與結腸癌常不易區別。均應作組織塗片活檢來鑑別之。
