1、繼發性肝癌：繼發性肝癌與原發性肝癌比較，繼發性肝癌病情發展緩慢，症狀較輕，其中以繼發於胃癌的最多，其次爲肺、胰腺、乳腺和結腸等的癌竈常轉移至肝。常表現爲多個結節型病竈，甲胎蛋白（AFP）檢測除少數原發癌在消化的病例可陽性外，一般多爲陰性。
2、肝硬化：肝癌多發生在肝硬化的基礎上，兩者鑑別常有困難。鑑別在於詳細病史、體格檢查聯繫實驗室檢查。肝硬化病情發展較慢有反覆，肝功能損害較顯著，血清甲胎蛋白（AFP）陽性多提示癌變。
3、活動性肝病：以下幾點有助於肝癌與活動性肝病（急慢性肝炎）的鑑別。AFP甲胎球蛋白檢查和SGPT谷丙轉氨酶必需同時檢測。
4、肝膿腫：表現發熱、肝區疼痛、有炎症感染症狀表現，白血球數常升高，肝區叩擊痛和觸痛明顯，左上腹肌緊張，周圍胸腔壁常有水腫。
5、肝海綿狀血管瘤：該病爲肝內良性佔位性病變，常因查體B型超聲或核素掃描等偶然發現。該病我國多見。鑑別診斷主要依靠甲胎蛋白測定，B型超聲及肝血管造影。
6、肝包蟲病：病人有肝臟進行性腫大，質地堅硬和結節感、晚期肝臟大多數被破壞，臨牀表現極似原發性肝癌。
7、鄰近肝區的肝外腫瘤：如胃癌、上腹部高位腹膜後腫瘤，來自腎、胰腺癌、腹膜後腫瘤、腎上腺和結腸等容易與原發性肝癌相混淆。除甲胎蛋白多爲陰性可助區別外，病史、臨牀表現不同，特別超聲、CT、腸胃道X線檢查和MRI等影像學檢查等均可作出鑑別診斷。
