目前診斷主要靠病史、症狀和體徵。在一些有條件的大醫院可做病毒分離，用免疫熒光檢查病毒包涵體，電鏡檢查病毒顆粒，酶聯免疫吸附試驗或放射免疫測定檢測病毒抗原。
生殖器皰疹是誤診率較高的疾病。有很多患者僅僅有一點輕度的包皮龜頭炎，即被某些別有用心的所謂醫生們診斷爲，筆者就遇到數位這樣的患者。有一些小門診部受金錢的驅使，常常誤導患者。下面介紹幾個需要鑑別診斷的疾病。
（1）龜頭包皮炎初起潮紅、糜爛，但很少出現水皰。可有滲液，包皮水腫不能上翻，有時有膿性分泌物。依據不同的病因可分爲外傷性龜頭炎、接觸性龜頭炎、感染性龜頭炎、念珠菌性龜頭炎、阿米巴性龜頭炎、滴蟲性龜頭炎、漿細胞性龜頭炎等。
（2）硬下疳爲硬性潰瘍，邊緣整齊。詳見梅毒。
（3）淋病也可發生龜頭包皮炎，但主要表現爲急性化膿性尿道炎。
（4）固定紅斑性藥疹常常由於口服磺胺類藥物或止痛類藥物引起。發生於陰部，有紅腫，常破潰，糜爛，也有復發，要仔細地詢問病史。
