膽汁反流性胃炎與其他胃炎相比內鏡下表現並無顯著特異性。開始爲淺表性，表現爲胃黏膜或吻合口周圍明顯充血、水腫、粗糙、脆弱、容易出血，可有多發性糜爛。病程較久者可漸趨向萎縮，形成慢性淺表萎縮性胃炎，粘膜呈紅白相間或灰白色，粘膜變薄，可透見血管網，或伴粘膜糜爛、潰瘍。
同一患者可有數型胃炎並存，並常伴有腸腺化生，後者在內鏡下呈灰或黃白色的輕微隆起性結節，約芝麻至米粒大小，夾雜在充血的炎症粘膜之間，以吻合口周圍及胃竇較多。
反流性胃炎胃鏡所見與組織學改變呈正相關，胃炎的嚴重程度與病程也呈正相關。反流性胃炎的胃黏膜病理改變多無特異性，但有報告其較獨特的病理表現爲胃小凹增生，間質水腫，毛細血管擴張，平滑肌纖維增生和炎症細胞缺乏等，在此5種病理改變中出現3種以上異常者，結合Hp陰性，可診斷爲反流性胃炎 。
膽汁反流的內鏡表現：內鏡下可見食管內或胃內有黃綠色液體，粘膜見黃染，幽門功能失調者可見食管內或胃內有黃綠色液體，粘膜見黃染，幽門功能失調者可見膽汁通過幽門口向胃內反流。有學者認爲，僅僅通過上述表現來證明有膽汁反流不是很恰當的，因爲做胃鏡時患者往往不合作，噁心等對結果的影響很大。
Nasrallah等研究110例患者發現鏡下見胃黏膜膽汁染色與胃內膽汁濃度、內鏡下病變的嚴重程度及活檢組織學損傷的程度之間無相關。
內鏡檢查需要有經驗的醫生進行，可以減輕對患者的不良刺激，診斷結果也就比較可靠
