肛瘻的內口是初起感染生成肛瘻的入口，是發病的起源，因此，肛瘻都有其內口，同時，瘻管長期不能癒合，充分證明有病竈內口的存在。手術中的觀察也證實了這點。
一般來說，絕大多數內口在肛竇內及其附近，集中在肛管後正中部兩側發病。內口可在直腸下部或肛管的任何部位，但多在內外括約肌連接處的平面上。有的有二處內口，一在肛管，一在直腸。臨牀中，若內口在直腸下部，表示瘻管複雜，手術操作較困難;若同一平面上有兩個內口時，表示有兩個瘻管，各有內口通入肛管。一般內口較小、圓形，在齒線附近可摸到變硬的凹陷;有的內口較大，形狀不規則;內口較大的多爲結核性肛瘻。
肛瘻的內口處理是治療的關鍵所在。手術時如找不到內口，或內口處理失當，瘻管則不能完全治癒。即便有時傷口暫時癒合，因入口仍然存在，感染時仍易復發，形成肛瘻。
因此，在手術之前，一定要仔細檢查肛瘻的內口，完全切除或切開它，才能徹底治癒肛瘻。
