中醫採用辨證施治的方法治療肛瘻，取得了一定療效。總結分型如下：
①溼熱蘊結：肛門腫痛、下墜，漏出黃白稠厚的膿液，膿量多而且臭，大便不暢，小便短赤;舌苔黃膩，脈洪大滑數。甚則身熱惡寒，口渴不欲飲。
治則：清熱利溼，解毒。
方藥：三黃瀉心湯或黃連除溼湯加減。
②陰虛熱蒸：症見肛門腫痛，下墜，下漏膿液清稀，色白如豆渣，淋漓不盡，大便祕結或溏瀉，午後潮熱，食少乏味，盜汗失眠;舌紅少津，脈細數。也有兼有貧血。
治則：滋陰清熱。
方藥：青蒿鱉甲湯加減。
③氣滯血瘀：症見：肛門腫痛，隆起，堅硬如石，漏下膿血污水，如果凍狀，惡臭異常，兼見消瘦、乏力、食少;脈弦，舌暗紫有瘀斑。
治則：補氣養血，清熱利溼。
方藥：補中益氣湯合三黃瀉心湯加減。
