形成肛瘻的原因很多，絕大部分肛瘻是肛門周圍膿腫破潰或切開排膿後，膿腫逐漸縮小形成的瘻道。另外，直腸肛門部的外傷、手術也可形成肛瘻。結核病、潰瘍性結腸炎、克隆病、肛管直腸癌等疾病可併發肛瘻。但均較少見。
肛瘻的主要症狀是瘻外口常有少量膿性、血性、粘液性分泌物流出，流出的分泌物刺激周圍皮膚，使肛門部潮溼、騷癢不適，有時形成溼疹。如急性發作，或外口癒合時，瘻管中常有膿腫形成，可伴有發熱、痛疼等症狀。如不及時治療，上述症狀常反覆發作，經久不愈。
肛瘻一旦形成，便不能自愈。這是因爲：
1.直腸內的污染物不斷進入內口，內口持續感染。
2.長期慢性炎症及反覆感染，局部病竈形成纖維化管壁，管道常彎曲狹窄，致引流不暢。
3.肛門周圍支持組織，特別是括約肌的收縮，可致管道排膿不暢，使感染沿括約肌間隙蔓延。因此，一旦確診肛瘻，即應手術治療，並且要及時治療，因爲，病程越長，瘻管可能向四周蔓延，形成較多管道或較多外口，成爲複雜肛瘻，這一方面給治療帶來困難，同時手術創傷、癒合時間也會相應增加。
