幽門螺桿菌與消化性潰瘍的形成與復發密切相關，所以對X線或胃鏡檢查診斷明確的十二指腸潰瘍或胃潰瘍患者，首先要區分幽門螺桿菌感染陽性抑或陰性。 如果陽性，應給制酸劑同時加抗菌治療，或給粘膜防護劑加抗菌藥物。制酸劑可用H2受體拮抗劑或質子泵阻滯劑，在十二指腸潰瘍療程爲4～6周，在胃潰瘍療程 適當延長至8～12周，應按潰瘍癒合與否爲準繩。制酸劑也可用粘膜防護劑來替代。抗菌藥物應聯合用藥，小劑量短療程以減少耐藥的發生及副作用。
對幽門螺桿菌陰性的患者，按常規治療，療程可按潰瘍的癒合情況適當縮短或延長。至於是否應服維持量長期治療，應視復發的情況來決定，反覆發作者應長期給服維持量，療程至少1年，也可更長。
目前，學者們推崇三聯療法治療幽門螺旋桿菌陽性者的消化性潰瘍，即三種抗酸、抗HP藥物相互搭配同時服用。最常用的三聯療法如下：
藥物組合：
(1)洛賽克20毫克(1粒)+阿莫西林750毫克(3粒，每粒含250毫克)+甲硝唑400毫克(2片，每片含200毫克)。
(2)洛賽克20毫克+紅黴素500毫克(4片，每片含125毫克)+甲硝唑400毫克。
(3)洛賽克20毫克+阿莫西林750毫克+紅黴素500毫克。
用法：
任選上述一組藥物服用，每種藥物按以上劑量一日服2次(上下午各1次)，7—14日爲一療程。一療程結束後，要再繼續單獨服用洛賽克2周，劑量和服法同前。
進行三聯療法時，應注意藥物(特別是抗HP藥物)的毒副反應，如甲硝唑可發生噁心和毛刺舌；阿莫西林、紅黴素可出現腹瀉、噁心、舌炎、過敏性蕁麻疹、皮疹和藥物熱等，故應在醫生指導和監視下用藥。
