來自於家族成員
腸病毒曾經從懷孕婦女與受到腸病毒感染新生兒的母親的肛門、喉頭、子宮頸拭子（Cervical swab）等檢體培養出來，亦有高比例的腸病毒被從家族其它的成員培養出來，如兄弟姐妹或父親。
經由胎盤傳導
另外腸病毒曾自胎盤所培養出，這表示子宮內的感染是經由胎盤傳導的途徑。腸病毒可自懷孕婦女的糞便或子宮頸分泌出來，與腸病毒可在羊水中生長這些發現也都顯示上行性感染的可能性。基於病毒血症與臨牀症狀都是出生後一至二天發生的，過去曾估計大約22%致死的新生兒克沙奇B型病毒的感染，11%的伊科病毒的感染都是在子宮內就得到的。
子宮內就被感染
也有不少的腸病毒感染新生兒是在出生後的幾個小時內就發病，顯示腸病毒感染可能是胎兒在子宮內就得到的感染。藉由生產後自羊水培養出腸病毒、在新生兒的組織偵測到腸病毒的抗原，以及新生兒出生第一天就可自血清中檢驗出中和抗體，這些發現都更加支持這種可能性。
生產過程垂直感染
在南臺灣，早自1994年就曾經發生過克沙奇B型病毒感染新生兒造成許多嚴重的併發症與死亡的病例。大部分新生兒受到腸病毒的感染，一般被認爲是經由生產過程中接受到母親的血液或生殖道的分泌物，或生產後接觸到母親口咽分泌物或糞便的暴露所導致的。
