過去的研究發現新生兒得到腸病毒感染的死亡率差異相當大，可自0%到83%，但通常若是病患同時合併數種併發症則死亡率就會大幅增高。幸運地是，新生兒得到腸病毒的感染即使是嚴重的疾病，只要救治得當及時，一般來說預後良好。
心肌炎
心肌炎則通常會以呼吸困難、蒼白、發紺、嘔吐。剛開始可能會誤以爲肺炎，接着會出現明顯的心跳過速，心臟擴大、脈搏不穩，快速演變成心衰竭、休克、甚至死亡來表現。
腦炎
臨牀上若是有腦炎的併發症，則會有極度倦怠、意識障礙、抽搐，局部的神經學上不正常症狀也可能發生，有時也會有明顯頸部僵硬的情形。
肝炎
臺灣地區新生兒腸病毒最嚴重的併發症之一就是肝炎，以黃疸、肝臟腫大、血中肝臟酵素增加、血中膽紅素增加、且通常會合並血小板低下和血液凝血時間延長。若是一旦發生了急性大量的肝臟細胞壞死，則隨後肝臟衰竭、流血不止、腎臟衰竭都有可能接踵而至，此外，若合併顱內出血也可能造成致命的疾病。
其它併發症
不過，偶而也有一些其它不常見的併發症，如壞死性腸炎、肌肉炎和血球吞噬症候羣等。
對於部分肝炎病患肝功能失調的情形會持續到幼兒時期或有肝鈣化的情形，但是大部分的病患肝功能終究是會恢復正常的。
至於新生兒神經學上的併發症的預後就比較困難去預測，譬如說，如只是單純的無菌性腦膜炎，一般來說預後良好，但若是嚴重的腦炎則就有可能會有智力降低和運動障礙等長期的後遺症。
