新生兒出生後無胎糞排出，餵奶後腹部膨脹，出現嘔吐，繼爾皮膚乾癟、消瘦，若出現這種症狀，即應考慮鎖肛症，若發現和治療不及時，則易導致腸梗阻，腸壞死，致新生兒死亡。
新生兒的鎖肛症，常常被忽視，因此，在新生兒出生後，要予以全面的體檢，並注意觀察排便情況，以防止發生新生兒死亡。
若患兒是先天性肛門直腸狹窄，則可表現爲頑固性便祕，排便疼痛，啼哭，便極細，量少，腹部脹痛，消化不良，消瘦。
若患兒併發有直腸尿道瘻、直腸陰道瘻，大便則會從尿道或陰道排出，此類新生兒不會導致死亡。但若糞便的異常排泄沒有被注意，尿道或陰道存留糞便過多，可引起膀胱炎、腎盂腎炎、陰道炎等。
