不正確的使用牙籤至少有四大危害：
首先是消毒不嚴、管理不善的牙籤易引起疾病。任人抓取的牙籤上附帶的各種各樣的細菌、病毒會通過牙籤進入人體內，據衛生部門化驗，一根小小的牙籤上竟“藏”着幾萬個細菌。
其次是牙籤使用不當，將導致牙周疾病。如果無塞牙現象而亂剔牙或牙籤使用不當就會造成牙齦炎、牙齦萎縮、牙間隙增大而導致牙周疾病，切不可將牙籤用力壓入牙間乳頭區，因爲這樣會使本來沒有間隙的牙齒間隙增大造成牙周病。
第三，叼含牙籤不慎可能危及生命。據濟南市口腔醫院介紹，有消費者因叼含牙籤不小心吞進肚內，把小腸穿破，經醫院緊急手術開刀才從體內取出，險些丟了性命，類似患者近期該院已收治兩例。
另外，木製牙籤造成木材消耗巨大，據有關方面統計，全國每年要消耗超過6000億支牙籤，如果用木材製造需消耗木材160萬立方米，相當於203萬畝樹林;用竹子製造需消耗竹子140萬噸，相當於70萬畝竹材，韓國、日本等發達國家目前已全面禁用木製牙籤。同時牙籤生產過程和使用後也對環境造成污染。
