1.內在因素即遺傳因素，如染色體異常和基因畸變，約4%～5%先天性心臟病是由染色體病引起的。
2.心臟胚胎髮育的關鍵時期是在妊娠的第2～8周，造成先天性心血管畸形也主要發生在此階段，如母親在妊娠3個月內患嚴重病毒性感染時，特別是患風疹病毒後出生的新生兒患先天性心臟病的發病率較高。
3.胎兒環境及母體因素，包括胎兒周圍局部機械壓迫、母親的營養或維生素缺乏等因素，都會影響胎兒的心臟發育。
4.母親在妊娠期接觸大劑量x射線或使用某些藥物，患慢性疾病、缺氧、母親高齡妊娠，流產保胎和多胎等因素均爲高危因素。
