部分扁平疣患者在1-2年內可以自愈，但是機率很小，對於比較頑固的扁平疣病例可以採取的治療方法很多，但療效往往因人而異，有人快有人慢。
一、忌心情抑鬱、生活失調，宜心情舒暢、生活規律。
很多愛美的年輕人因其頑固不愈而鬱鬱寡歡，甚至影響飲食與睡眠。心情抑鬱，生活不規律可降低人體的免疫功能，使扁平疣更加頑固不愈。因此患了扁平疣的朋友應保持愉快的心情，避免辛辣刺激的飲食，保證規律的生活，再加上積極的治療，絕大部分的扁平疣是可以徹底治癒的。
二、忌搔抓，宜減少刺激。
扁平疣一般是不痛不癢的，或偶有輕微癢感。但很多青年朋友嫌它妨礙美觀，想把它抓破擠掉。殊不知扁平疣是病毒感染性的疾病，具有一定傳染性，如果搔抓的話，病毒會因自身接種而順着抓痕方向生長。正確的方法是不去理會它，儘量減少刺激。
三、忌外用“皮炎平”等藥物，宜外用抗病毒且刺激小的藥物。
皮炎平是外用激素類藥物，主要用於治療皮炎溼疹類疾病，如用於扁平疣，會抑制皮膚的免疫反應，降低抵抗力，無異於火上澆油，會使疣體短期內迅速發展。另外有些患者選用刺激性很強或有一定腐蝕性作用的藥物、高濃度的維甲酸等，這些藥物易損傷皮膚並刺激皮膚出現色素沉着，使臉上的“小芝麻粒”更加顯眼。宜選用刺激性小的抗病毒藥物，如阿昔洛韋霜、酞丁胺擦劑等。
