衣原體感染能夠引起許多疾患。其中對泌尿系統的感染常被稱爲非淋菌性尿道炎（nongonococcal urethritis，NGU）。在非淋的病原體檢測中，沙眼衣原體的發現率佔到了40%-60%。
衣原體對作用於細胞壁的藥物耐藥，如青黴素類、萬古黴素、桿菌肽，對於抑制膜蛋白和胞漿蛋白合成藥物敏感，如四環素、紅黴素等。
治療方案
首先四環素類，四環素500mg每日4次，連服7天，或用強力黴素100mg每日2次，連服7日。對四環素禁用或耐受性差的患者，可改服紅黴素500mg，每日4次，連服7日，複方新諾明亦有效。
另外近年來新開發的對各領域的感染症廣泛使用的新藥喹諾酮類，在治療衣原體方面臨牀效果較好，其中常用的藥物有氧氟沙星（OFIX），環丙沙星（CPFX），洛美沙星，利福平治療效果也較好。
治療中應注意的問題：
（2）從目前臨牀觀察來看用喹諾酮類藥物比應用四環素類藥物爲好，因爲患者多數有淋球菌或其它合併感染。
（3）治療時間2-3周爲宜。衣原體繁殖週期爲48-72小時，寄生在細胞內，藥物滲入細胞內的濃度一般較低。所以治療時間需要長些。
（4）在男女感染後無症狀或症狀輕微者，可視爲帶菌者，應接受正規治療。對患者的性伴要同時治療。
（5）聯合用藥：四環素類+喹諾酮類
紅黴素類+喹諾酮類
四環素類+利福平
喹諾酮類+利福平
