蛋白尿是比較早的多囊腎的症狀表現之一，這和多囊腎患者的腎小球的屏障功能有關係，血尿是多囊腎病人發現自身患有多囊腎檢查的主要因素。而大部分多囊腎病人會經歷一個由輕轉重的貧血過程，並且會常伴有夜尿。此多囊腎的症狀一般和腎臟分泌的紅細胞生成素遞減、腎臟功能下降有關。另外。由於多囊腎擠壓腎臟，高血壓是多囊腎中出現頻率較多的多囊腎的症狀之一，一般在腎功能減退之前就有發生，且伴隨頭痛、頭暈，與腎素一血管緊張素系統的亢進關係密切。
多囊腎患者容易有腰腹部適的症狀，這比較好理解，是因爲多囊腎患者的腎臟，因爲囊腫增大到一定程度時，可以在單側或是雙側上腹部摸到大小不一的腫塊，並且會隨着呼吸而移動，合併感染時伴有壓痛。這時候的患者，會有腰背部壓迫感，有時疼痛劇烈。可表現爲間歇性或是持續性發作，有時可表現爲腹痛，疼痛向上腹、腹股溝、背、胸部放射，疼痛可因跑步、久坐、活動而加劇。
