有許多種甲狀腺激素製劑提供替代治療，包括T4 (左旋甲狀腺素)，3碘甲腺原氨酸(Liothyronine，碘塞羅寧)，兩種激素的混合製劑和動物甲狀腺乾粉。人工合成T 4 (左旋甲狀腺素)更好，平均維持劑量75~125μg/d口服，但開始劑量必須要低，特別是老年伴有心臟病病人和長期嚴重甲狀腺功能減退病人(除非是粘液性水腫昏迷)。吸收相當穩定，約爲劑量的70%。T3 產生自外周組織。一般老年人維持劑量可以減少，孕婦增多。如同時服用減少T4 吸收或增加膽汁中排泄中的藥物，則劑量同樣需增加。嬰兒和幼小兒童劑量見第269節甲狀腺功能減退。最適當劑量應是恢復TSH至正常的最小劑量(雖然這一標準不適用於繼發性甲狀腺功能減退)。
T 3 (碘塞羅寧)不宜用於長期單獨替代治療，因爲半壽期短，需每日2次服用。給予標準T3 替代劑量(25~50μg/d)，2~4小時內致使迅速增加血清T3 濃 度達300~1000ng/dl(4。62~15。4nmol/L)，因爲其吸收近乎完全，經24小時恢復正常。所以在估計接受這種方案病人的T3 水平時，醫生要知道激素服用時間。此外，T3 治療的病人，至少1天中有數小時呈化學性甲亢狀態，因此病人可能處於較大心臟危險。
類似血清T3 水平見於服用T3 和T4 混合製劑口服，雖然因爲T3 劑量較少，T 3 峯值略低。用合成T4 替代治療，反應出不同類型的血清T3 。服用足夠量T4 ， 血清T3 逐漸增加，維持正常水平。動物甲狀腺乾粉製劑含有不恆定量T3 和T4 ， 不應該使用，除非病人數年應用過程中情況良好。
粘液性水腫昏迷，開始需用大劑量T4 (200~500μg靜脈給予)或T3 (40μg/d靜脈給予)。維持量T4 50~100μg/d靜脈給予或T3 10~20μg/d靜脈給予，直至可以口服T4 。由於中樞性甲減一開始不能排除，所以同樣需給予皮質類固醇。不應將病人體溫迅速恢復正常，以致威脅心律紊亂。低氧血癥常見，應在治療一開始就測定PaO2 。如肺泡換氣受損，需立即行呼吸機呼吸。促發疾病要立即治療，液體要謹慎補充，因爲甲減病人排泄水分不暢。最後，因爲甲減病人代謝較正常人慢，所以服用藥物需謹慎。
亞臨牀甲狀腺功能減退症 ：無症狀或提示有輕微甲減伴隨正常血清FT4 ，FT3 和高血清TSH濃度。
亞臨牀甲減在以往幾年變得相對多見，因現在有敏感TSH(S-TSH)測定。亞臨牀甲狀腺功能減退特別多見於老年女性，尤其是患橋本甲狀腺炎婦女，發生率達15%。所有亞臨牀甲狀腺功能減退病人應測定過氧化酶抗體。抗體陽性病人主張用LT4 ，因爲有較大危險發展成明顯的甲狀腺功能減退。無陽性抗體者，LT4 治療有諸多爭論，但即使有暗示甲狀腺功能減退症狀，還是主張治療。至少應密切隨訪，以確定是否會發展成較嚴重的甲狀腺功能減退。
