肛瘻有原發性內口、瘻管、支管和繼發性外口。內口即感染源的入口，多在肛竇內及其附近，後正中線的兩側多見，但也可在直腸下部或肛管的任何部位。瘻管有直有彎，少數有分支。外口即膿腫潰破處或切開引流的部位，多位於肛管周圍皮膚外，由於原發病竈不斷經內口進入管道，加之管道迂曲行走於內、外括約肌附近，管壁由纖維組織構成，管內有肉芽組織，故經久不愈。
一般單純性肛瘻只有一個內口和一個外口，這類最多見。若外口暫時封閉，局部引流不暢，則又逐漸發生紅腫，再將形成膿腫，封閉的外口可再穿破或在其他處形成另一外口。如此反覆發作，便病變範圍擴大或有時造成幾個外口，與內口相通，這種肛瘻稱爲複雜性肛瘻，即有一個內口與多個外口。但有人認爲，複雜性肛瘻不應以外口的多少劃分，而是指主要管道累及肛管直腸環或環以上者。雖然這種肛瘻只有一個外口及一個內口，但治療比較複雜，故稱爲複雜性肛瘻。相反，有時肛瘻雖有多個外口，但治療並不複雜。
