我們知道，口服避孕藥本身就是激素類藥物，能抑制腦垂體激素分泌，卵巢便不再排卵，女性也就不會懷孕。同理，沒有了卵泡發育、排卵的過程，上面提到的那些功能性卵巢囊腫也就不會發生，所以，口服避孕藥本身就是預防這些囊腫的方法。而對於已出現的功能性卵巢囊腫，服用避孕藥後，卵巢處於“消停”狀態，囊腫也會消退得更快。
當然，這些囊腫一般不需要專門去治療，只有超過三個月還不消退（三個月後最好作B超複查），或者引起腹痛、月經改變者，醫生纔會建議口服三個月避孕藥幫忙。而對於不能確定性質的囊腫，這也是一種鑑別方法。
卵巢巧克力囊腫一般需要手術治療，但由於激素原因仍在，術後常易復發，一般都需要口服避孕藥中的高效孕激素，以抑制異位內膜的生長，促使異位內膜萎縮，這樣既預防或延緩囊腫復發，也減輕疼痛。
而對於多囊卵巢，口服避孕藥本身就是最主要的治療方法。
但口服避孕藥對多種卵巢囊腫有益，卻不建議發現囊腫的女性隨便服用。一方面，普通體檢只能告知“卵巢囊腫”，其真正性質卻需要婦科B超等專科檢查才能鑑別;另一方面，激素調節極其複雜，並非“口服避孕藥”一句話了事，劑量和期限都需嚴格調控。口服緊急避孕藥，不僅起不到保護作用，多次使用反而可能促使卵巢囊腫的發生。
育齡期婦女服用口服避孕藥三個月，卵巢囊腫仍增大或持續存在，應繼續就診，再次排除惡性腫瘤的可能。若卵巢囊腫直徑已超過5釐米，或囊腫持續3個月仍存在，則應考慮手術治療。
