有些文獻報道，採用試管嬰兒技術可能會導致新生兒某些類型的出生缺陷發生率增加，而一些文獻並沒有類似發現。總的來說，試管嬰兒技術誕生的後代出生缺陷的發生率是比較低，大約只有2～4% 。
瑞典Sahlgrenska大學醫院的貝里(ChristinaBergh)在一次全球生殖醫學會議上指出：科學家將自然受孕降生的孩童與採用體外受精和精子顯微注射技術而出生的孩童進行了比較，結果顯示在五歲的時候，兩者在智力、語言和行爲能力方面沒有什麼不同。
從生物學上講，精卵自然結合的試管嬰兒和人工授精的嬰兒無任何差別，孩子在智力、體力方面是相同的。
此外，世界範圍的研究表明，由試管嬰兒分娩出生的嬰兒其畸形的危險性並不比正常分娩出生的嬰兒畸形的危險性高。任何自然妊娠中發生的胎兒畸形均可發生在試管嬰兒中。
因此，我們可以認爲，目前除了發現精子和卵子結合的環境與結合的方式不同之外，做試管嬰兒出生的孩子和自然受精分娩的孩子無多大差異。
