支原體、衣原體感染會造成炎症。在女性生殖道中，衣原體最容易侵犯的部位是子宮頸，可引起局部炎症，並可由此向上蔓延，引起子宮內膜炎、輸卵管炎，導致分泌物增多，宮頸黏液、陰道黏液的改變，使精子的生存和運動都有一定障礙。
有報道證實，在17例因盆腔感染合併輸卵管不通而致的不孕中，11例被檢出衣原體感染。可見衣原體感染是引起女性不孕的原因之一。另外，衣原體、支原體感染還會造成精子畸形，導致精子發育、運動受到障礙，精子形態也將發生變化，從而影響精子的運動，造成了精子的活力不強。
衣原體感染不僅可通過性生活傳播，還可通過手、毛巾、衣物、浴器等接觸傳播。因此在日常生活中，男女方都應講究衛生，不要混用生活用品，如果有一方感染了衣原體，在治癒前最好不過性生活，以免傳染給對方，導致不孕。
