正常情況下，一般食物並不具有毒性。可能使食品產生毒性的有害物質多種多樣，食品被污染的途徑也異常複雜。
食物產生毒性並引起食物中毒主要有以下幾種原因：
（1）某些致病性微生物污染食品並急劇繁殖，以致食品中存有大量活菌（如沙門氏菌屬）或產生大量毒素（如金黃色葡萄菌產生的腸毒素）。
（2）有毒化學物質混入食品並達到能引起急性中毒的劑量（如農藥的污染）。
（3）食品本身含有毒成分（如河豚含有河豚毒素），而加工、烹調方法不當，未能將其除去。
（4）食品在貯存過程中，由於貯藏條件不當而產生了有毒物質（如馬鈴薯發芽產生龍葵素）。
（5）因攝入有毒成分的某些動植物（如食入毒藻的海水魚、貝；採用有毒蜜源植物釀的蜂蜜）。這些動植物起着毒素的轉移與富集作用。
（6）某些外形與食物相似，而實際含有毒成分的植物，被作爲食物誤食而引起中毒（如毒蕈等）。
食品從生產加工直到銷售食用整個過程中，有很多因素可以使食品具有毒性。例如，使用未經檢疫的病死家畜肉加工的肉製品；使用攙假的牛乳加工的奶粉；
使用未經消毒的朱乳生產的雪糕；使用不新鮮的鮐魚生產的罐頭，都曾引起食物中毒。使用非食品原料——工業酒精（或甲醇）兌制的“配製酒”造成的甲醇中毒，也曾多次發生。使用不符合食品衛生要求的食品添加劑或加工助劑（含砷等毒物質）也曾造成食物中毒。生產工藝、設備、容器和包裝材料不符合衛生要求也可使食品污染帶有毒性。
例如，熟肉製品加工製作時，生熟不分交叉污染而引起食物中毒；採用生棉子榨油，毛油又未經鹼煉，而引起棉酚中毒。生產蒸餾酒時，使用含鉛蒸餾設備和貯酒容器，鉛溶於酒中而造成鉛中毒。
此外，日本曾發生桔子汁罐頭中溶錫過多而引起食物中毒，其原因是調汁用水中含硝酸根離子較多所致。美國曾發生的金槍魚罐頭引起的E型肉毒梭菌食物中毒是由於罐頭殺菌冷卻時帶有病原菌的不潔冷卻水侵入罐內造成，內容物二次污染所致。因此，食品生產用水水質衛生亦不容忽視。
