一、不宜生吃
尤其是脾胃虛寒及月經期間的婦女。番茄含有大量可溶性收斂劑等成分，與胃酸發生反應，凝結成不溶解的塊狀物，養生健康網認爲容易引起胃腸脹滿、疼痛等不適症狀。如果只把番茄當成水果吃補充維生素C，或盛夏清暑熱，則以生吃爲佳。
二、不宜空腹吃
空腹時胃酸分泌量增多，因番茄所含的某種化學物質與胃酸結合易形成不溶於水的塊狀物，食之往往引起腹痛，造成胃不適、胃脹痛。
三、不宜吃未成熟的青色番茄
因含有毒的龍葵鹼。食用未成熟的青色番茄，會感到苦澀，多吃了，嚴重的可導致中毒，出現頭暈、噁心、周身不適、嘔吐及全身疲乏等症狀，嚴重的還會發生生命危險。
四、不宜長時高溫加熱
因番茄紅素遇光、熱和氧氣容易分解，失去保健作用。因此，烹調時應避免長時間高溫加熱。
五、不宜和青瓜，黃瓜同食
青瓜含有一種維生素C分解酶，會破壞其他蔬菜中的維生素C，番茄富含維生素C，如果二者一起食用，達不到補充營養的效果。
六、服用肝素、雙香豆素等抗凝血藥物時不宜食
番茄含維生素K較多，維生素K主要催化肝中凝血酶原以及凝血活素的合成。維生素K不足時，會使凝血時間延長造成皮下和肌肉出血。
七、服用新斯的明或加蘭他敏時禁食
