現在還不知道HIV確切的來源，科學家們有各種HIV起源的理論性推測，但是均沒有得到證實。一般認爲非洲是HIV的發源地。HIV到底有多長的歷史至今仍然是一個謎。目前最早的一份艾滋病病人的血液標本來自於1959牙年非洲的金薩沙， 基因分析提示這種病毒可能是從20世紀40年代末50年代初出現的一種新病毒發展而來的。
HIV是高度變異的病毒，它的變異之大是空前的。目前發現的Hlv有兩種，HIV-1和HIV-2. HIV-1又可以分爲M羣和0羣-1的M羣是引起艾滋病在世界各地流行的主要原因。M羣又包括A、B、C、D、F、G、H、J、K 9個亞型，還有大約37個流行重組型（CRF）。推測HIV-1的M羣是在1960年左右開始分化成不同的亞型，而M羣和O羣的分化大約發生於19世紀後期。
艾滋病已經確認是由一種逆轉錄病毒引起的。1983年著名的法國巴斯德研究所腫瘤病毒室主任蒙嗒尼爾（Montagnier）首先從一名患淋巴結病綜合症的男性同性戀者的淋巴結中分離到一種艾滋病的淋巴結病相關病毒（LymphaenopathyAssociatedVirus）簡稱LAV。1984年美國國立腫瘤研究所的研究人員也報告從艾滋病病人血液標本中分離到多株逆轉錄病毒，因爲這種病毒主要侵犯那些起免疫作用的淋巴細胞，所以命名爲嗜人TH淋巴細胞三型病毒（HumanT-LymphotrophicVirusⅢ）簡稱HTLV-Ⅲ。這兩種病毒被認爲是同一種逆轉錄病毒的變種，並肯定爲引起艾滋病的病原體、把它稱爲LAV/LTLV-Ⅲ。
HIV呈袋狀球形，直徑約150毫微米，包膜由一薄層類脂質構成，具有抗原性。HIV有10%鹼基序列不同。是單鏈RNA病毒，外有核殼蛋白，此外還有一種特殊的逆轉錄酶，能以單鏈RNA作爲模塊，轉錄爲雙鏈DNA，該雙鏈DNA可與宿主細胞的DNA結合然後逆轉錄爲病毒的單鏈DNA，因此感染艾滋病病毒後，病毒的核酸永遠與宿主細胞結合在一起，使得感染不能消失，機體無法清除病毒。
現已證實HIV是嗜T4淋巴細胞和嗜神經細胞的病毒。HIV由皮膚破口或粘膜進入人體血液，主要攻擊和破壞的靶細胞T4淋巴細胞（T4淋巴細胞在細胞免疫系統中起着中心調節作用，它能促進B細胞產生抗體），便得T4細胞失去原有的正常免疫功能。當激活免疫反應的T4細胞幾乎全部被HIV消除，T4細胞抑制細胞在數量上巨增，相反病人體內T4細胞在數量上驟減，從而導致病人的免疫功能全部衰竭，爲條件性感染創造了極爲有利的條件。
HIV對神經細胞有親合力，能侵犯神經系統，引起腦組織的破壞，或者繼發條件性感染而致各種中樞神經系統的病變。
HIV和其它逆轉錄病毒一樣，當逆轉錄酶使病毒的RNA作爲模板合成DNA而成前病毒DNA整合到宿主細胞的DNA中時，HIV帶有的致癌基因可使細胞發生癌性轉化，特別是在細胞免疫遭到破壞，喪失免疫監視作用的情況下，細胞癌變更易發生。
