生殖器皰疹HSV感染後平均約4～5日，外陰患部先有灼熱感，旋即發生成羣丘疹，可爲一簇或多簇，繼之形成水皰。數日後演變爲膿皰，破潰後形成糜爛或淺潰瘍，自覺疼痛，更後結痂自愈，病程約2～3周。皮損多發於男性的包皮、龜頭、冠狀溝和陰莖等處，偶見於尿道口;女性則多見於大小陰脣、陰蒂、陰阜、子宮頸等處，亦見於尿道口。原發性生殖器皰疹，往往伴有全身不適，低熱、頭痛等全身症狀，局部淋巴結腫大。該病常復發，複發性生殖器皰疹較原發者輕，損害小，往往無全身症狀。男性同性戀可出現肛門直腸HSV-2感染，其發病率僅次於淋球菌所致的肛門直腸炎，臨牀表現爲肛門直腸疼痛、便祕、分泌物增加和裏急後重，肛周可有皰疹性潰瘍，乙狀結腸鏡檢常見直腸下段粘膜充血、出血和潰瘍。
原發性生殖器皰疹臨牀表現：潛伏期2～10日，平均爲6日。發病部位男性爲包皮、龜頭、冠狀溝、陰莖。偶可見於尿道、前列腺和精囊，同性戀者可發生於肛門、直腸;女性則爲外陰、大小陰脣、陰蒂、陰道、宮頸，也可發生於肛門、直腸及尿道。原發性感染的症狀往往比較嚴重，水皰出現前接種部位常先有灼熱、瘙癢或感覺異常，女性白帶增多，隨之局部出現淡紅色斑或丘疹，在此基礎上迅速出現芝麻至綠豆大羣集性緊張水皰，皰液開始較清，逐漸可變成混濁甚至程膿性。皰壁較薄，易破潰形成潰瘍面較大，自覺疼痛，觸動後更明顯。
複發性生殖器皰疹的臨牀表現：常發生於原發性生殖器皰疹後1～3個月內。由HSV-2感染引起者複發率較高，發作的頻率也較高。第1次感染後1年內約60%的患者復發，第1年的發作次數爲4～6次，有些多達10次以上。複發性生殖器皰疹的症狀，比原發性生殖器皰疹輕。複發性生殖器皰疹可合併骶骨神經根病：表現爲臀部或股部疼痛或感覺異常、尿瀦留、陰莖不能勃起等。其它合併症還有直腸炎、前列腺炎、尿道炎綜合徵等。婦女發生宮頸癌的危險性比一般婦女大5～10倍。
生殖器皰疹傳染源：人是單純皰疹病毒的唯一自然宿主。發作期、恢復期患者，以及不顯症狀的所謂健康帶菌者爲該病的傳染源。主要通過病損處的水皰皰液、唾液及糞便中存在的病毒進行傳播。該病主要通過性行爲傳染，通過被污染物品的間接傳染較少。此外，患生殖器皰疹的母親，在分娩過程中，經過產道可將病毒直接傳染給新生兒，或懷孕過程中患病，當機體抵抗力低時，病毒可通過胎盤傳給胎兒。某些因素如情緒激動、發熱、月經來潮、性行爲等，使潛伏於神經節內的病毒活化後沿周圍神經下行至表皮細胞引起局部病損。 生殖器皰疹的傳染源是患者及帶病毒者，尤其是在患者的生殖器皮膚或粘膜的皰疹內含有單純皰疹病毒，可通過性接觸而傳染給配偶或其他性侶，也可在同性戀者中互相傳染。有時在口腔或口腔周圍患有皰疹的人，可通過口腔——生殖器性交，使對方傳染生殖器皰疹。因此，不同方式的異性性行爲，也可傳播生殖器皰疹病。由於有傳染性的病毒能在潮溼的環境中存活數小時，因而單純皰疹也可通過污染物而間接傳播。因爲生殖器皰疹在潛伏中也有傳染性，所以會讓人在不知不覺成爲皰疹的的傳播者和受害者。
專家介紹建議，不管你的性伴侶安不安全，健不健康，更好都要使用保險套，而且是全程使用;此外更好避免性伴侶複雜等情形，纔可以避免的生殖器皰疹感染，而若是患了性疾病，也必須和性伴侶一起治療，纔不會一再互相傳染，怎麼治療也治不好。
