尖銳溼疣初期時常不痛不癢，皮疹也不明顯，多數患者一般無症狀，損害大小及形狀不等，可僅爲數個，亦可爲多數針頭樣大的損害：在陰肛部可長成大的腫瘤樣物，有壓迫感;有惡臭味；有時小的溼疣可出現陰部痛癢不適，病人可出現尿血和排尿困難；直腸內尖銳溼疣可發生疼痛，便血，而直腸內大的溼疣則可引起裏急後重感。
男性患者好發於包皮繫帶，冠狀溝，包皮、尿道、陰莖、肛門周圍和陰囊。病初爲淡紅或污紅色粟狀大小贅生物，性質柔軟，頂端稍尖，逐漸長大或增多。可發展成乳頭狀或囊狀，基底稍寬或有帶，表面有顆粒，在肛門部常增大，狀如菜花，表面溼潤或有出血，在顆粒間常積存有膿液，散發惡臭氣味，搔抓後可繼發感染。
位於溼度較低乾燥部位的生殖器疣，損害常小而呈扁平疣狀。位於溼熱溼潤部位的疣常表現爲絲狀或乳頭瘤狀，易融合成大的團塊，有嚴重肝病的患者溼疣可增大，妊娠可使溼疣復發或生長加快。臨牀感染是指臨牀上肉眼不能辨認的病變，但用3%-5%醋酸液局部外塗或溼敷5-10分鐘可在HPV感染區域發白，即所謂“醋酸白現象”。
