結核性腦膜炎起病常較緩慢，但也有驟起者。
（一）典型結腦的臨牀表現可分爲三期：
1.前驅期（早期）約1 ～2周，一般起病緩慢，在原有結核病基礎上，出現性情改變，如煩躁、易怒、好哭，或精神倦怠、呆滯、嗜睡或睡眼不寧，兩眼凝視，食慾不振、消瘦，並有低熱，便祕或不明原因的反覆嘔吐。年長兒可自訴頭痛，初可爲間歇性，後持續性頭痛。嬰幼兒表現爲皺眉、以手擊頭、啼哭等。
2.腦膜刺激期（中期）約1 ～2周 主要爲腦膜爲及顱內壓增高表現。低熱，頭痛加劇可呈持續性。嘔吐頻繁、常呈噴射狀，可有感覺過敏，逐淅出現嗜睡、意識障礙。典型腦膜刺激徵多見於年長兒，嬰兒主要表現爲前囟飽滿或膨隆，腹壁反射消失、腱反射亢進。若病情繼續發展，則進入昏迷狀態，可有驚厥發作。此期常出現顱神經受累病狀，最常見爲面神經、動眼神經及外展神經的癱瘓，多爲單側受累，表現爲鼻脣溝消失、眼瞼下垂、眼外斜、複視及瞳孔散大，眼底檢查可見視神經炎，視乳突水腫，脈絡膜可偶見結核節結。
3.晚期（昏迷期）約1 ～2周 意誤障礙加重反覆驚厥，神志進入半昏迷、昏迷狀態，瞳孔散大，對光反射消失、呼吸節律不整甚至出現潮式呼吸或呼吸暫停。常有代謝性酸中毒、腦性失鐵鈉綜合徵、低鉀積壓症等水、電解質代謝紊亂。最後體溫可升至40℃以上，終因呼吸循環衰竭而死亡。
（二）非典型結核性腦膜炎
1.六個月以下的小嬰兒，全身血行播散性結核時，可繼髮結腦，或同時發生結腦，發燒、肝脾淋巴結腫大，可伴有皮疹，但胸片可見粟型肺結核。
2.較大兒童患結腦時，多因腦實質隱匿病竈突然破潰。大量結核菌侵入腦脊淮引起腦膜的急驟反應。起病急，可突然發熱、抽搐，腦膜刺激徵明顯，肺及其它部位可無明顯的結核病竈；外周血象白細胞總數及中性粒細胞百分率增高；腦脊淮輕度混濁，白細胞數可≥1×109/L（1000/mm3）以中性粒細胞佔多數，易誤診爲化膿性腦膜炎。
3.有時表現爲顱內壓持續增高徵象，低熱、進行性頭痛、逐漸加劇的噴射嘔吐。可見視神經乳突水腫及動眼、外展、面神經受累症狀，腦脊液壓力增高、白細胞輕度增加、蛋白增多、糖減少、氯化物正常，腦超聲波檢查提示腦室擴張或有中線位移，腦掃描可見放射性素濃染區，易被誤診爲腦膿腫或腦腫瘤。
4.因中耳、乳突結核擴散所致者，往往以發熱、耳痛、嘔吐起病，易誤診爲急性中耳炎，出現腦膜刺激徵時易誤爲中耳炎合併化腦，如出現侷限性神經系統定位體徵時，則易誤爲腦膿腫。
