由於小兒肛瘻管道較爲短淺，排膿後症狀可很快減輕，並多數可自愈，部分患兒隨年齡增長而自愈，因此，一般主張不行手術治療。 對此，應對症處理，每日清潔肛門並坐浴，適當使用抗生素及外用藥膏，消炎消腫，控制和減少膿腫的發生，加速自愈。
對反覆發作不能自愈的患兒，要擇期至能承受手術時，再進行手術治療，手術年齡以5～10歲爲宜，對於低齡幼兒患該病的原因，以及自愈的原因，尚不明瞭。
據國內外統計，嬰幼兒肛瘻在出生後6個月以內發病者佔小兒肛瘻的2/3；在生後3個月內發病率最高，其中生後1個月內發病者爲最多見。男性多於女性，男性佔80%—90%，嬰幼兒肛瘻發病部位多在肛門兩側，瘻管多呈淺在、單純、垂直。複雜而瘻深的較少，有部分患兒未治可自愈，待成人後可再發。
