還有另一種情況，病人曾有過某種方式的感染途徑，但由於病人抵抗力強，沒有出現過或僅出現過非常不顯著的臨牀症狀如宮頸硬下疳，以後一直沒有臨牀表現，但梅毒血清爲陽性，這都是潛伏梅毒。
潛伏梅毒的發生主要取決於機體本身的免疫力、治療與梅毒螺旋體之間的較量的結果。當機體免疫功能正常，或在治療其他疾病時曾不正規地使用過與治療梅毒有關的藥物，產生了一定的治療效果時，體內的梅毒螺旋體受到一定的限制；當機體在某階段健康狀況不佳、免疫功能降低時，梅毒螺旋體可乘機在人體內廣泛活動並損害各種組織。當出現前一種情況時，即爲潛伏梅毒，當出現後一種情況時，就叫做顯發梅毒。
潛伏梅毒的分期完全同顯性梅毒，後天梅毒以2年爲界，先天梅毒以2歲爲界，均可分爲早期和晚期。
潛伏梅毒，由於患者基本上沒有感覺和表現，即使有也是很輕微的極易被病人本人所忽視而未引起重視，不及時去就診。而體內組織內螺旋體依然存在，對組織器官的破壞依然在進行；潛伏梅毒病人依然有傳染性，對周圍性侶或密切生活在一起的親人構成威脅。
可見，要早期發現潛伏梅毒病人，在各種人羣中開展梅毒血清篩查試驗是十分重要的。
