在矯牙的過程，牙周炎是讓病人擔心的問題之一。
控制菌斑是最有效的解決方法，日常主要通過早晚仔細刷牙來進行。
但由於牙齒本來就排列不齊，加上矯治器的存在，爲口腔清潔帶來了一定難度。因此，某些不易清潔的部位（如弓絲下方被遮擋的牙面），可使用間隙刷清理。刷牙後，要照鏡子觀察牙齒和矯治器上是否還有髒東西;刷牙時，應使用含氟牙膏。
漱口水對口腔內細菌起到一定的抑制作用。在正畸治療中，自我感覺清潔困難時，爲防止菌斑產生或清除菌斑，可在短期內使用漱口水。
另外，還有人擔心矯牙會讓牙齒鬆動，甚至脫落。
其實，矯牙過程中，牙齒出現輕微鬆動是正常的。這與口腔的結構有關。矯牙完成後，經過一段時間的保持（即前面所提的保持器），牙齒會重新變得跟以前一樣穩固。
但若矯治過程感覺牙齒過於鬆動，則可能存在別的問題，應儘快找口腔科醫生進行處理，甚至停止矯牙。
